根据上述规定，发票丢失由税务机关责令改正，可以处1万元以下的罚款；情节严重的，处1万元以上3万元以下的罚款。具体处罚金额还需结合本省的《税务行政处罚裁量基准》作出。
参考《长江三角洲区域申报 发票类税务违法行为行政处罚裁量基准》（2020年第4号公告附件)第13项规定，“丢失发票或擅自损毁发票"的处罚标准为：
1.定额发票不满500份，卷式发票不满300份，其他发票不满100份的，处1000元以下的罚款。
2.定额发票500份以上，卷式发票300份以上，其他发票100份以上200份以下的，处1000元以上10000元以下的罚款。
3.其他发票超过200份或者有其他严重情节的，处10000元以上30000元以下的罚款。
有违法所得的予以没收。
相关案例：
2018年6月，新三板挂牌公司深圳市易腾达科技股份有限公司（以下简称易腾达公司）向客户销售模组一批，并开具增值税专用发票（发票联、抵扣联）108份，但因客户保管不善，将发票全部遗失，由易腾达公司向税务局申请补办。主管税务机关根据《中华人民共和国发票管理办法》，决定对易腾达公司处罚人民币10000元整。
案例来源：2018年9月7日，《深圳市中易腾达科技股份有限公司关于公司收到税务行政处罚事项告知书的公告》
另外，根据《中华人民共和国行政处罚法》（2021年修订）第三十三条规定，违法行为轻微并及时改正，没有造成危害后果的，不予行政处罚。初次违法且危害后果轻微并及时改正的，可以不予行政处罚。当事人有证据足以证明没有主观过错的，不予行政处罚。法律、行政法规另有规定的，从其规定。对当事人的违法行为依法不予行政处罚的，行政机关应当对当事人进行教育。又根据国家税务总局关于发布《税务行政处罚“首违不罚”事项清单》的公告（国家税务总局公告2021年第6号）规定，对于首次发生清单中所列事项且危害后果轻微，在税务机关发现前主动改正或者在税务机关责令限期改正的期限内改正的，不予行政处罚。税务机关应当对当事人加强税法宣传和辅导。但发票丢失目前尚未被列入《税务行政处罚“首违不罚”事项清单》。
四、增值税专用发票或机动车销售统一发票丢失了，如何抵扣进项、申请退税或记账？
由于当前税务已经实现增值税专用发票及机动车销售统一发票报税信息的共享共用，根据《 国家税务总局关于增值税发票综合服务平台等事项的公告》（国家税务总局公告2020年第1号） 规定，纳税人丢失发票的发票联、抵扣联后，已无需前往税务机关申请开具《丢失增值税专用发票已报税证明单》，可凭相应发票的其他基本联次复印件，作为增值税进项税额的抵扣凭证、退税凭证或记账凭证。
（一）丢失抵扣联
第二联为抵扣联，是购买方扣税凭证。纳税人丢失已开具增值税专用发票或机动车销售统一发票的抵扣联，可凭相应发票的发票联复印件，作为增值税进项税额的抵扣凭证或退税凭证。
（二）丢失发票联
第三联为发票联，是购买方记账凭证。纳税人丢失已开具增值税专用发票或机动车销售统一发票的发票联，可凭相应发票的抵扣联复印件，作为记账凭证。
（三）发票联和抵扣联都丢失
纳税人同时丢失已开具增值税专用发票或机动车销售统一发票的发票联和抵扣联，可凭加盖销售方发票专用章的相应发票记账联复印件，作为增值税进项税额的抵扣凭证、退税凭证或记账凭证。
（四）丢失记账联
第一联为记账联，是销售方记账凭证，未有作出规定，根据相关文件精神，可使用其他联次的复印件，作为记账凭证，个人理解也可以直接入账，比照无票收入处理。
五、受票方丢失已开具的电子专票后应当如何处理？
根据《国家税务总局关于在新办纳税人中实行增值税专用发票电子化有关事项的公告》（国家税务总局公告2020年第22号）规定，受票方如丢失或损毁已开具的电子专票，可以根据发票代码、发票号码、开票日期、开具金额（不含税）等信息，在全国增值税发票查验平台查验通过后，下载电子专票。如不掌握相关信息，也可以向开票方重新索取原电子专票。参考国家税务总局网站答复(2021年03月18日)：受票方如丢失或损毁已开具的增值税电子专用发票(以下简称“电子专票”)，可以根据发票代码、发票号码、开票日期、开具金额(不含税)等信息，在全国增值税发票查验平台(https://inv-veri.chinatax.gov.cn)查验通过后，下载电子专票。如不掌握相关信息，也可以向开票方重新索取原电子专票。
六、丢失普通发票应如何入账？
(一）机动车销售发票
2021年5月1日前，根据《国家税务总局关于消费者丢失机动车销售发票处理问题的批复》（国税函〔2006〕227号）规定：鉴于车主申报缴纳车辆购置税时需要报送《机动车销售统一发票》（报税联），办理机动车登记时需要报送《机动车销售统一发票》（注册登记联），因此，当消费者丢失机动车销售发票后，可采取重新补开机动车销售发票的方法解决。具体程序为：
（1）丢失机动车销售发票的消费者到机动车销售单位取得销售统一发票存根联复印件（加盖销售单位发票专用章或财务专用章）；
（2）到机动车销售方所在地主管税务机关盖章确认并登记备案；
（3）由机动车销售单位重新开具与原销售发票存根联内容一致的机动车销售发票。消费者凭重新开具的机动车销售发票办理相关手续。
2021年5月1日起，根据关于发布《机动车发票使用办法》的公告（国家税务总局 工业和信息化部 公安部公告2020年第23号），消费者丢失机动车销售统一发票，无法办理车辆购置税纳税申报或者机动车注册登记的，应向销售方申请重新开具机动车销售统一发票；销售方核对消费者相关信息后，先开具红字发票，再重新开具与原蓝字发票存根联内容一致的机动车销售统一发票。
（二）其他普通发票
1.丢失记账联
普通发票第一联为记账联，是销售方记账凭证，应取得发票联的复印件，由原件保存单位或者个人在复制件上注明“与原件核对无误，原件存于我处”，并由提供人签章。
2.丢失发票联
普通发票第二联为发票联，是购买方记账凭证，可以参考《会计基础工作规范》（2019年修订）第五十五条第五项规定，从外单位取得的原始凭证如有遗失，应当取得原开出单位盖有公章的证明，并注明原来凭证的号码、金额和内容等，由经办单位会计机构负责人、会计主管人员和单位领导人批准后，才能代作原始凭证。如果确实无法取得证明的，如火车、轮船、飞机票等凭证，由当事人写出详细情况，由经办单位会计机构负责人、会计主管人员和单位领导人批准后，代作原始凭证。
七、发票丢失可以通过电子税务局报告吗？
各地的执行口径可能有所区别，以河北省电子税务局填报流程为例：
第一步：在“我要办税”模块选择“综合信息报告”
第二步：选择“特定涉税信息报告”
第三步：选择“发票遗失、毁损报告”
作者：小颖言税。版权归属于该作者。
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