背景
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天堂與地獄的戰鬥（永恆之戰）在人類出現之前就已經開始，延續了數千年。其中迪亞布羅、巴爾和墨菲斯托是地獄最高統治者，魔神三位一體，掌握恐懼、破壞和憎惡之力。大天使伊卒爾則是天堂中最偉大的英雄。
大天使伊卒爾在某次突襲地獄入口的戰鬥中被打敗，用大天使泰瑞爾的話來說就是「他聖潔的靈魂被鎖在地獄深淵，他的意志被封入一個恐怖的怪物身體」，不論如何美化，事實是大天使伊卒爾終於投靠地獄，成為墮落天使。
人類出現後，天堂與地獄很少直接開戰了，變成操縱人類進行模擬演習，戰爭也改名叫原罪之戰。天堂輸掉了他們的英雄大天使伊卒爾，地獄方面也不好過，地獄四大魔王（督瑞爾—苦痛之王、安達利爾—痛楚女王、阿兹莫丹—罪惡之王、彼列—謊言之王）突然向三魔神（迪亞布羅、巴爾和墨菲斯托）發動突襲，打敗了他們之後將其流放到人間。然而地獄的叛亂者和關注這場反亂事件的天使們都不知道，這場叛亂原來是三魔神精心設計的結果，這件事除三魔神外，大概只有墮落天使伊卒爾能猜到其中的因由，其原因就是靈魂石。
但三魔神打錯算盤，持有強大精神力量的天使和上位惡魔，在人間界活動時力量衰減得很快，原因是它們的靈力在天堂和地獄有近乎無盡的補給源泉，在人類的領土上則受到限制。在天堂的天使看到有機可乘，派天使長拿著三顆靈魂石跑到人間，要人類的法師組織（赫拉迪姆）一眾人等為了人類的未來，殺掉三魔神。到此為止一切都在三魔神的計劃之中，唯一的失算是人類法師拿到了靈魂石。
人類的打法怪異，作戰也沒有什麼規則，個個都不怕死，三魔神中的墨菲斯托首先被抓住封印在靈魂石中。迪亞布羅不久在西方的一個小王國被赫拉迪姆抓到，封印在靈魂石裡面。赫拉迪姆這部分成員在迪亞布羅封印處蓋起了一座教堂，世代監視迪亞布羅，光陰似箭，日月如梭，幾代人之後赫拉迪姆的勢力漸漸衰落，這個王國被一名聖騎士系的國王支配，暗黑破壞神也擺脫了靈魂石的封印......
巴爾逃回地獄補充能量，幾十年後大搖大擺的重返人間，因為上次被赫拉迪姆追殺時，用來封印巴爾的靈魂石被巴爾打成一堆碎片，人類法師只能拿著碎片中最大的一塊進行封印，而毀滅之王巴爾完全不把這塊殘缺的靈魂石看在眼裡，故意讓自己被吸進靈魂石，準備再粉碎一次靈魂石，但這次又失算了，赫拉迪姆有史以來最傑出法師，擁有當時最強精神力的魔導師塔·拉夏，把靈魂石嵌入自己的身體內，讓自己的靈魂融入靈魂石之中，巴爾再度自投羅網。根據塔·拉夏的遺願，他的身體被鐵鏈鎖住，安葬於東方的大沙漠中，在上面做出真假七座陵墓，後世稱為謎之塔·拉夏之墓。
三魔神算是暫時是被封印住了，但是人類的力量無法真正的消滅這三大魔物，所以封印也只是讓人間可以獲得暫時的喘息，來自黑暗的威脅仍然沒有從人類世界當中被真正根除。首先醒過來的是三魔神中的迪亞布羅，雖然迪亞布羅的力量尚未回覆到以前的狀況，但是卻瓦解了整個李奧瑞克王國崔斯特姆，並佔據王子的身驅，再準備讓整個王國人民成為黑暗的奴僕。
主线
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玩家控制的角色抵达了崔斯特姆，深入崔斯特姆大教堂内部，与迪亚波罗的地狱随从决一死战。期间将遇到变成骷髅王的李奥瑞克，最终将抵达地狱，杀死被腐化的王子——已变身为恐惧之王的迪亚波罗。
游戏的最后，玩家控制的英雄试图将封印于灵魂石中的迪亚波罗永久封印，于是将灵魂石插入了自己体內，想用自己坚毅的内心抵制住腐化。暗黑破坏神II延续了这个故事。